
Stargate Atlantis
La cité est fortement endommagée et toujours à la dérive dans l'espace. Le Docteur Weir est blessée et ses jours sont maintenant comptés. Rodney réactive les nanites endormies dans le corps d'Elisabeth et cette dernière accompagne Sheppard pour récupérer un E2PZ sur la planète des Asurans afin de pouvoir sauver la Cité et ses occupants. Mais Elisabeth est faite prisonnière après que McKay a reprogrammé les Réplicateurs pour qu'ils s'attaquent de nouveau aux Wraiths. Pour remplacer Elisabeth, le Colonel Samantha Carter est désignée et elle devient la nouvelle chef de l'expédition. Par la suite, les Asurans deviennent une plus grande menace pour les peuples de Pégase que les Wraiths car depuis que McKay les a reprogrammé pour qu'ils s'attaquent aux Wraiths, les Asurans s'attaquent directement à leur nourriture, c'est-à-dire : le peuple de Pégase. Les réplicateurs et leur planète sont détruits avec l'aide de plusieurs peuples, notamment les Wraiths, qui apportent leur aide à Atlantis. De son côté, Teyla apprend qu'elle est enceinte et découvre la disparition de tout son peuple qu'elle retrouve lorsque Michael réussit à la kidnapper et à la conduire dans son repaire ; ceci afin de finaliser ses recherches génétiques pour combiner les ADN humain et wraith et ainsi parfaire la troupe d'hybrides qu'il s'est constituée dans le but de prendre le contrôle de la galaxie tout en se débarrassant des Wraiths grâce à la protéine Hoffan qu'il s'est procurée...
- Episodes 20
- Date de diffusion jeudi 12 février
20 épisodes

Episode 1 : À la dérive
À la dérive dans l'espace dans la cité d'Atlantis, l'expédition tente par tous les moyens de rejoindre leur nouveau monde avant qu'il ne soit trop tard.

Episode 2 : Dernier recours
Sheppard pénètre au coeur de la planète des Réplicateurs afin de dérober un E2PZ capable de sauver Atlantis. Le colonel Carter embarque à bord de l'Apollo dans l'espoir de retrouver la cité d'Atlantis...

Episode 3 : Retrouvailles
Ronon retrouve de vieux amis : un groupe de Satedans rescapés d'une attaque wraith. Par loyauté envers ses anciens compagnons d'armes, il décide de quitter Atlantis pour se joindre à eux. Avant de partir, Ronon accepte une dernière mission : infiltrer un laboratoire wraith où se mènent des recherches qui mettent la galaxie en danger. Pendant ce temps, le colonel Carter arrive en leader sur Atlantis et prend ses nouvelles fonctions au sein de la cité...

Episode 4 : Cauchemar sur Atlantis
L'équipe aborde une planète recouverte d'une jungle épaisse et découvre un cristal brillant d'une forte lumière près d'un arbre. Sheppard, qui ne peut s'empêcher de le toucher, est projeté en arrière. Lorsque l'équipage remonte à bord de l'Atlantis, plusieurs membres sont victimes de cauchemars effrayants. Il s'agit de savoir rapidement s'ils ont été contaminés par un organisme extraterrestre...

Episode 5 : Les Voyageurs
En rentrant d'une mission en solitaire, Sheppard est attaqué. Ses assaillants parviennent à mettre son système de communication hors service, l'empêchant d'alerter l'équipage d'Atlantis. Dans la cité des Anciens, ses amis commencent à s'inquiéter. Ils lancent des recherches qui restent infructueuses. De son côté, Sheppard espère parvenir à s'échapper aussi vite que possible. Ses geôliers ne sont guère loquaces...

Episode 6 : Perte de mémoire
L'équipage est victime d'un virus qui se propage peu à peu. Les premiers symptômes sont des maux de tête et des vertiges qui ont pour effet la disparition progressive de la mémoire des membres de l'expédition qui en sont atteints. Seuls Teyla et Ronon semblent passer entre les mailles du filet. Il leur faut agir au plus vite, avant que leur mémoire ne soit également effacée...

Episode 7 : Seules contre tous
Teyla et le docteur Keller visitent la nouvelle Athos quand elles sont attaquées par un peuple de guerriers primitifs.

Episode 8 : Le Prophète
Teyla part à la recherche de son peuple et rencontre Davos, un mystérieux médium qui prédit un avenir sombre pour Atlantis. Pendant ce temps, Sheppard se voit obligé de s'allier avec les Wraith pour contrer un virus. Celui-ci a été créé pour combattre les Réplicateurs, mais il ne fonctionne pas comme prévu. Woolsey embarque à bord d'Atlantis pour évaluer le travail de Carter...

Episode 9 : Programmation mortelle
L'équipe d'Atlantis retourne sur Terre pour retrouver la soeur de McKay, qui vient d'être kidnappée. Sheppard et Ronon réalisent rapidement que cette affaire a un rapport avec les Réplicateurs...

Episode 10 : Double collision
Rodney et Zelenka tentent de comprendre pourquoi la Porte des étoiles d'Atlantis ne fonctionne plus. Ils apprennent qu'un objet s'est écrasé sur la cité : il s'agit d'une sonde qui présente des impacts de balles. Rodney pense que l'objet pourrait avoir été fabriqué par les Réplicateurs. Après quelques incidents, l'équipe se rend compte que le personnel de la base se comporte de manière étrange...

Episode 11 : Alliance forcée
Atlantis fait appel au Dédale et à l'Apollo pour détruire les vaisseaux des Réplicateurs, que l'équipe est maintenant en mesure de suivre à la trace dans la galaxie...

Episode 12 : Conséquences
Grâce à l'aide des Wraiths et de Larrin, l'équipe d'Atlantis a réussi à détruire les Réplicateurs. Avant l'anéantissement de leur planète, un vaisseau wraith réussit à s'emparer de deux E2PZ. Une semaine plus tard, McKay capte le signal du mouchard installé sur l'appareil wraith. Toute l'équipe décide de partir à sa recherche. Ils découvrent alors les coordonnées d'une base secrète des Wraiths...

Episode 13 : Quarantaine
Une procédure de quarantaine se déclenche soudain sur Atlantis. Les membres de l'équipe sont bloqués dans diverses parties de la cité et tentent de comprendre les raisons de la mise en route de ce système automatique de sécurité. Bien vite, la survie du personnel est mise en jeu. Sans possibilité de ravitaillement, les habitants de la cité coincés dans des zones inaccessibles risquent de manquer d'eau et de nourriture...

Episode 14 : Harmonie
Sheppard et McKay escortent Harmony, une jeune princesse de 13 ans, qui va prochainement devenir reine. Avant cela, elle doit entreprendre un voyage initiatique qui la mènera à des ruines au coeur d'une forêt. Les deux hommes découvrent rapidement que l'adolescente a un caractère bien trempé. Leur mission se complique lorsqu'un groupe de Genii se lance à leur poursuite, déterminé à empêcher l'adolescente de terminer son voyage...

Episode 15 : Banni
Lorsqu'il apprend le décès de son père, Sheppard décide de retourner sur Terre pour assister à ses funérailles, accompagné par Ronon. Sur place, ils font la connaissance d'une mystérieuse jeune femme, Ava Dixon. Celle-ci leur apprend qu'elle a crée une créature mi-homme mi-Réplicateur et que celle-ci s'est échappée. Sheppard et Ronon réunissent une équipe pour retrouver ce mutant potentiellement dangereux...

Episode 16 : Trio
McKay, le colonel Carter et le docteur Keller partent en mission sur une planète dont les habitants ont installé leur campement sur un terrain minier. L'équipe compte leur demander de déménager ailleurs, d'autant que la planète subit plusieurs secousses sismiques par jour. En route, ils tombent tous les trois dans un trou et doivent trouver seuls le moyen de s'en sortir...

Episode 17 : Infiltration Wraith
La station Midway est infiltrée par un groupe de Wraiths. Ronon est le seul à pouvoir les neutraliser. Il est aidé par Teal'c, qui se trouve là au bon moment. La tension monte lorsque les Wraiths découvrent le code qui leur permet d'accéder à la planète Terre...

Episode 18 : Hybrides (1)
Alors qu'une mystérieuse nouvelle maladie balaie la galaxie Pégase, Teyla est convaincue par une vision que le père de son enfant essaie de communiquer avec elle. Elle tente de joindre Sheppard qui est parti en mission pour le mettre au courant de la situation.

Episode 19 : Hybrides (2)
Le Dr Carson Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du docteur Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Ce dernier, possédant le raisonnement et les souvenirs de l'original est, bien malgré lui, à l'origine de la nouvelle souche du médicament Hoffan. Quoi qu'il en soit, il est bien déterminé à réintégrer Atlantis et à mettre fin aux actions de Michael.

Episode 20 : Le Dernier Homme
Parti à la recherche de Teyla, le colonel Sheppard retourne sur Atlantis. A son arrivée, il découvre une cité abandonnée qui ne se trouve plus au milieu de l'océan mais dans un désert immense. L'hologramme d'un McKay âgé apparaît et lui explique qu'une anomalie l'a envoyé 48 000 ans dans le futur...