
Stargate Atlantis
L'histoire suit directement la fin de la première saison, la cité est sauvée avec l'arrivée du vaisseau terrien Dédale et les Wraiths croient que Atlantis a été détruite par une explosion nucléaire. Ronon Dex rejoint l'équipe de Sheppard en remplacement du lieutenant Ford qui est contaminé par une toxine Wraith transformant le lieutenant en véritable machine de guerre. Sheppard et son équipe visitent de nouvelles planètes où ils découvrent de nouvelles technologies anciennes plus ou moins bonnes et font la connaissance de nouveaux peuples dont un qui a mis au point un virus capable de tuer les Wraiths. Le Docteur Beckett expérimente ce rétrovirus et le transforme. L'arme biologique d'Atlantis permet de transformer des Wraiths en humains. Ils font un test sur un Wraith qu'il prénomme Michael mais ce dernier parvient à leur échapper et fait route vers la Terre avec plusieurs vaisseaux.
- Episodes 23
- Date de diffusion jeudi 12 février
23 épisodes

Episode 1 : Sous le feu de l'ennemi
L'attaque des Wraith fait rage sur Atlantis. Le docteur Beckett est surpris de voir à quel point le lieutenant Ford se remet rapidement de ses blessures. Il soupçonne les Wraith de lui avoir injecté une substance qui pourrait se révéler destructrice. Alors que le major Sheppard et son équipe sont en mauvaise posture, le Dédale, un vaisseau très performant venu de la Terre, leur porte secours. Mais leur répit est de courte durée. Les Wraith préparent en effet une nouvelle attaque, beaucoup plus importante que la précédente. Les chances de survie de l'équipe résident en un plan orchestré par McKay, qui s'avère très compliqué à réaliser...

Episode 2 : I.A.
Le docteur Weir, MacKay et Sheppard ont quitté la Terre, où ils ont passé quelques jours de repos, et font route vers Atlantis à bord du Dédale. Alors qu'ils traversent la galaxie de Pégase, un scientifique meurt électrocuté. L'équipage pense d'abord à un court-circuit. Lorsqu'un second scientifique décède dans les mêmes circonstances, McKay comprend qu'il ne s'agit pas d'un accident et soupçonne la présence d'un saboteur. Avec l'aide d'Hermiod, un Asgard, il découvre qu'un virus Wraith a infesté leur système informatique. L'équipe doit agir au plus vite, le virus étant programmé pour conduire le vaisseau dans le repaire des Wraith...

Episode 3 : Chasse à l’homme
Lors d'une mission de routine qu'ils effectuent sur la planète P3M-736, le major Lorne et son équipe découvrent le cadavre d'un Wraith. La façon dont il a été abattu leur suggère que Ford pourrait en être l'auteur. Sheppard et Teyla partent à la recherche de leur équipier et se font attaquer par surprise par un dénommé Ronon Dex. Celui-ci les retient prisonniers et leur apprend qu'il a été capturé par les Wraith des années auparavant. Depuis, il vit dans l'isolement total et n'a plus aucune confiance en personne. Par ailleurs, le chemin de McKay croise celui de Ford. Il constate avec inquiétude que celui-ci est doté de mystérieux pouvoirs...

Episode 4 : À corps perdu
Une technologie Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête de McKay. Les scientifiques de la mission vont alors tout faire pour que la situation redevienne normale.

Episode 5 : Les Condamnés
Sheppard et son équipe sont pris au piège par les habitants d'une île. Alors que leurs chances d'évasion se réduisent, un vaisseau les prend à son bord et les conduit dans la ville principale de la planète. Impressionnée par les technologies très avancées, l'équipe rencontre le chef suprême, "le Juge", enclin à instaurer un échange culturel entre les deux peuples. Il leur explique que les plus grands criminels sont condamnés à séjourner sur l'île, ce qui attire les Wraith. Ceux-ci laissent alors en paix le reste de la planète. De retour vers Atlantis, le jumper de Sheppard est pris d'assaut par les criminels, déterminés à quitter les lieux avant la prochaine attaque des Wraith...

Episode 5 : Les Condamnés
L'équipe d'Atlantis arrive sur une planète qui vit en relative harmonie avec un Wraith. Les habitants livrent leurs prisonniers et criminels aux Wraiths pour être en paix.

Episode 5 : Les Condamnés
L'équipe d'Atlantis arrive sur une planète qui vit en relative harmonie avec un Wraith. Les habitants livrent leurs prisonniers et criminels aux Wraiths pour être en paix.

Episode 6 : L’Expérience interdite
Sheppard et son équipe partent explorer la planète Doranda, recensée dans la base de données des Anciens. Arrivés sur place, ils constatent que tout a été détruit. Seule une structure semble avoir résisté. McKay découvre qu'il s'agit d'un générateur d'une incroyable puissance. Il met tout en oeuvre pour l'activer. Après une première tentative, qui a entraîné la mort d'un scientifique, McKay persiste et amorce un second essai. Il ne tarde pas à perdre le contrôle du générateur et comprend que l'appareil est à l'origine de la catastrophe qui a ravagé la planète. Pendant ce temps, Ronon découvre qu'une partie de son peuple est toujours en vie...

Episode 7 : Instinct
Au cours d'une exploration, Sheppard et son équipe découvrent une civilisation terrorisée par un tueur. Goran, le chef des villageois, leur explique que dix ans auparavant, un vaisseau Wraith s'est écrasé au sol. Terrifiés, Goran et son peuple ont choisi d'exterminer les survivants, mais l'un d'entre eux est parvenu à s'échapper. Sheppard et Teila entreprennent des recherches et font la connaissance de Zaddik. Celui-ci a recueilli une jeune Wraith, Ellia, qu'il considère comme sa fille. Il est parvenu à mettre au point un sérum destiné à humaniser la créature. D'abord persuadée de la culpabilité d'Ellia, l'équipe constate qu'un autre Wraith a survécu au crash...

Episode 8 : Mutation
Sheppard a été attaqué par un Wraith qui l'a mordu au bras. Bien qu'il ne semble y avoir aucune blessure, il commence à se transformer progressivement en Wraith. Il montre un caractère de plus en plus agressif et subit des transformations physiques. En dépit des efforts du docteur Carson et de toute l'équipe, le processus de mutation semble irréversible. A moins d'utiliser les cellules d'une certaine espèce d'insecte...

Episode 9 : L’Aurore
Quand l'équipe découvre un vaisseau Ancien, McKay et Sheppard sont surpris de découvrir que l'équipage à bord connaît une faille à propos de la technologie Wraith.

Episode 10 : L’union fait la force (1)
L'équipe du Lieutenant Colonel Sheppard est capturée par un groupe dont le chef n'est autre que le Lieutenant Aiden Ford. Ce dernier veut prouver à l'expédition qu'il n'est pas fou et que l'enzyme peut être un atout dans la lutte contre les Wraiths. Il élabore alors un plan avec l'aide de Sheppard et McKay pour détruire un vaisseau ruche qui est en approche, mais tout ne se passe pas comme prévu...

Episode 11 : L’union fait la force (2)
Sheppard et son équipe sont faits prisonniers et emmenés à bord d'un vaisseau ruche, où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut des informations sur la façon dont il a infiltré le vaisseau. De leurs côté Teyla et Ronnon commencent à sentir le manque d'enzyme... McKay trouvera-t-il un moyen de les tirer de là ?

Episode 12 : Tempus fugit
Sheppard part explorer de nouvelles terres par le biais de la Porte des Etoiles. Rapidement, son équipe comprend qu'il court un grand danger et tente vainement de le secourir. En effet, dans ce monde, le temps passe beaucoup plus vite et Sheppard risque de mourir de vieillesse. Dépité et désorienté, il rencontre deux autochtones, Avrid et Teer. Ils lui expliquent que ce monde, créé par les Anciens, est destiné à tous ceux qui veulent méditer, et que le seul moyen d'en sortir est d'effectuer l'Ascension. Par ailleurs, une étrange créature sème la terreur au sein de la population. Sheppard est contraint de la combattre...

Episode 13 : Masse critique
Sur Terre, le général Landry apprend qu'une bombe a été placée sur Atlantis. Toute activation de la Porte des étoiles afin de communiquer avec la Terre suffirait à la déclencher. En apprennant la nouvelle, le docteur Weir décide de couper la principale source d'énergie de la cité. Dès lors, Atlantis est à nouveau visible des Wraith. Ceux-ci ne tardent pas à la découvrir. Par ailleurs, toute l'équipe s'interroge sur l'identité du poseur de bombes. Les suspicions vont bon train, créant une atmosphère très tendue. De son côté, Teyla est sur le point de perdre un être cher...

Episode 14 : L’Ivresse des profondeurs
McKay est à bord d'un jumper que Zelenka vient de remettre en état de marche. Il ne peut cependant pas empêcher le vaisseau de s'écraser dans l'océan. Pris de panique, il tente de trouver un moyen de remonter à la surface rapidement. En effet, sa survie dépend de l'énergie contenue dans le jumper, or elle ne cesse de diminuer : il ne lui reste que trois heures pour être secouru. En état de choc, il imagine que le docteur Carter est venu le secourir. Les deux scientifiques confrontent leurs opinions, qui divergent totalement. Pendant ce temps, à la surface, Sheppard embarque à bord d'un second jumper afin de localiser McKay et de lui venir en aide...

Episode 15 : La Tour
Sheppard et son équipe explorent une planète et découvrent avec stupeur qu'il s'agit d'une réplique d'Atlantis dont les dirigeants sont dotés du gène des Anciens. Les paysans sont contraints de donner la moitié de leur récolte à leur roi qui, en échange, leur assure une protection contre les Wraith. Otho, un seigneur de la cité, scanne les membres de l'équipe et apprend que Sheppard possède également le fameux gène. Mara, la fille du roi, est sur le point de prendre la succession de son père mourant. Cependant, au fil des générations, la qualité du gène s'est détériorée. Sheppard représente l'unique espoir de perpétuer la lignée royale...

Episode 16 : Possédés
Deux objets sont découverts, flottant dans l'espace, ramenés sur Atlantis, ils s'avèrent être deux caissons de survie contenant un couple. Beckett conclut, un peu trop vite, qu'ils sont tous deux morts. En fait, les naufragés parviennent à tromper la vigilance de Weir et Sheppard. Ils s'emparent de leurs corps et les utilisent pour terminer leur lutte sans merci, prêts à aller jusqu'à la mort...

Episode 17 : Coup d’État
Alors que l'équipe apprend que les Genii se montrent de nouveau menaçant, ils réalisent que la trêve avec leur ancien ennemi pourrait bien prendre fin.

Episode 17 : Coup d’État
Alors que l'équipe apprend que les Genii se montrent de nouveau menaçant, ils réalisent que la trêve avec leur ancien ennemi pourrait bien prendre fin.

Episode 18 : Traitement de choc
Le lieutenant Michael Kenmore se réveille à l'infirmerie d'Atlantis, complètement amnésique. Les membres de la base lui expliquent qu'il a été capturé par les Wraith et qu'il a subi de graves agressions. Malgré tout, Michael ne recouvre pas la mémoire et en vient à suspecter ses supérieurs de lui cacher des informations. Il décide d'en savoir plus et consulte les dossiers du docteur Beckett. Il apprend qu'il est en réalité un Wraith et qu'il sert de cobaye pour expérimenter un sérum destiné à humaniser les Wraith. Lorsqu'il tente de s'échapper, la sécurité parvient à le neutraliser et le transfère sur le site Alpha. Mais il prend la fuite et enlève Teyla...

Episode 19 : Inferno
Sheppard et son équipe se rendent sur la planète Taranis afin de réparer le bouclier de protection. McKay réalise rapidement que le générateur puise son énergie dans un volcan. Trop sollicité par les habitants de la planète, le volcan ne tarde pas à entrer en éruption et menace d'exterminer la moitié du continent. Weir parvient à ramener un groupe de Taraniens sur Atlantis grâce à la Porte des étoiles, mais celle-ci disparaît dans le néant à la suite d'un tremblement de terre. Il ne reste qu'une solution : rapatrier le peuple de Taranis à bord du Dédale. Au vu du nombre d'habitants, Sheppard et McKay vont devoir effectuer plusieurs trajets, au péril de leur vie...

Episode 20 : Les Alliés
Un vaisseau-ruche Wraith entre en contact avec Atlantis. Michael, qui fait partie d'un groupe de rebelles, explique à Weir qu'il souhaite sceller avec eux une alliance. En effet, les Wraith sont en guerre civile et Michael envisage d'inoculer à ses ennemis le rétrovirus mis au point par le docteur Beckett. D'abord méfiante, Weir accepte la proposition. Sheppard et son équipe travaillent en étroite collaboration avec les Wraith et obtiennent une encyclopédie de données sur leur peuple. Au cours d'un essai, les membres d'Atlantis tombent dans un piège et comprennent que l'alliance était en fait une ruse permettant aux Wraith d'avoir accès aux coordonnées de la Terre...