
Stargate Atlantis
Cette nouvelle saison reprend là où la 2e saison s'est terminée. Les Wraiths qui se rendent sur Terre sont arrêtés, mais le prix est lourd : l'Orion est détruit. L'expédition fait la connaissance d'un nouveau peuple qu'ils prennent pour les Anciens : les Asurans. Ces derniers se révèlent être des Réplicateurs à forme humaine créés par les Anciens. Les Asurans vouent une véritable haine pour les Anciens et décident de détruire Atlantis ainsi que ses occupants. Le Docteur Weir et son équipe finissent par rencontrer des Anciens en sauvant certains d'entre eux d'un vaisseau à la dérive. Les derniers survivants de la civilisation ancienne décident de reprendre le contrôle d'Atlantis mais O'Neill et Richard Woolsey tentent de négocier un accord entre la Terre et les Anciens afin de permettre le retour de l'expédition. Pendant les négociations, les Asurans s'emparent à leur tour de la cité en tuant tous les Anciens. Les principaux membres de l'expédition Atlantis sur Terre vont désobéir aux ordres et retourner sur Atlantis, afin de sauver O'Neill et Richard Woolsey et de détruire les Asurans présents. Plus tard, le vaisseau terrien Apollo attaque des chantiers Asurans. Ces derniers contre-attaquent en utilisant un puissant rayon tiré depuis l'espace à l'aide d'une porte des étoiles. La situation est catastrophique car les boucliers ne pourront pas supporter la puissance du rayon. Sheppard, Weir et Rodney décident de faire décoller la cité de la planète. Mais au dernier moment, le rayon des réplicateurs parvient à toucher la cité endommageant sévèrement la tour principale et blessant ses occupants, notamment Elisabeth Weir…
- Episodes 20
- Date de diffusion jeudi 12 février
20 épisodes

Episode 1 : Menace sur la Terre
Le Dédale remporte tant bien que mal la bataille contre les deux vaisseaux ruches tandis que Sheppard, dont le F302 a été attaqué, échappe de justesse à la mort. Il décide d'entreprendre une mission pour libérer McKay et Ronon, qui sont emprisonnés par les Wraith. Il reçoit l'aide inattendue de Michael, rejeté par les siens parce qu'il a été contaminé. Dans le même temps, Weir rentre du SGC et tente de mettre en place un plan d'attaque afin d'empêcher les vaisseaux ruches Wraith d'arriver sur Terre...

Episode 2 : Transformation
Sheppard et son équipe sont de retour à Atlantis en possession du vaisseau ruche Wraith dont ils se sont emparés pour s'échapper. Le docteur Weir présente au groupe Richard Woolsey, qui l'a accompagnée pour évaluer son travail à la tête de l'expédition. Les membres de l'équipe d'Atlantis doivent maintenant déterminer le sort qu'ils réservent aux 200 Wraith qui ont été capturés et humanisés par le docteur Beckett...

Episode 3 : Irrésistible
L'équipe du colonel Sheppard explore un village, dont les habitants semblent mener une vie tranquille et insouciante. Leur chef, Lucius, un homme charismatique et respecté par sa congrégation, propose de créer une alliance avec Atlantis afin d'échanger les précieux remèdes médicinaux qu'il a conçus contre certaines technologies d'Atlantis...

Episode 4 : Face à face
En explorant une planète inconnue, Ronon a un mauvais pressentiment. L'équipage ne tarde pas à découvrir un petit village dont les habitants, terrorisés par ces nouveaux arrivants, ouvrent le feu, blessant McKay. Les membres de l'expédition retournent alors à la Porte des étoiles, mais seul Ronon arrive à passer de l'autre côté, abandonnant ses coéquipiers sur la planète...

Episode 5 : Copies conformes
Le docteur Weir accompagne Sheppard et son équipe en mission sur une planète dont la civilisation ressemble à s'y méprendre à celle des Anciens. Enthousiasmés par cette découverte, ils tentent de former une alliance avec ce nouveau peuple : les Asurans...

Episode 6 : Le Monde réel
Le docteur Weir se réveille sur Terre, dans un institut psychiatrique. Les médecins lui expliquent que tout ce qu'elle sait sur le programme de la Porte des étoiles et d'Atlantis n'est autre que le fruit de son imagination. Elle demande alors à voir Jack O'Neill, qui lui confirme que ni l'une ni l'autre n'existent. Très vite, Weir se rend compte qu'elle est bien loin d'être folle. Elle décide de mener l'enquête pour comprendre ce qui s'est passé..

Episode 7 : Intérêts communs
Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis, capture Sheppard. Il souhaite s'en servir comme monnaie d'échange pour traiter avec Atlantis et récupérer les technologies qui l'intéressent. Pour cela, il choisit d'envoyer une vidéo à Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith...

Episode 8 : La Guerre des génies
Rodney est de retour sur Terre pour demander à sa soeur Jeanie, une brillante scientifique qui a abandonné sa carrière pour une vie de famille paisible, de joindre le SGC et l'aider à résoudre un problème délicat...

Episode 9 : La Machine infernale
Sheppard informe la base que l'équipe du major Leonard n'a pas fait son rapport comme il était convenu. En se rendant sur la planète où l'équipe a disparu, Sheppard découvre qu'ils ont dû faire face à des Genii, qui n'ont pas survécu à la bataille. Les corps d'autres Genii sont retrouvés dans un bunker et il semble qu'ils se soient entretués. Si l'équipe du major est retrouvée sans vie, son responsable manque à l'appel...

Episode 10 : Exil forcé (1)
La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsque Richard Woolsey et lui même sont faits prisonniers pendant un assaut des Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, le Docteur Weir et le Docteur Carson volent un jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Mais parviendront-ils à reprendre Atlantis ?

Episode 11 : Exil forcé (2)
L'équipe doit secourir le Général O'neill et Richard Woolsey qui ont été fait prisonniers par les Asurans sur Atlantis.

Episode 12 : Le Chant des baleines
Lorsque des baleines de Lantea se regroupent autour de la cité d'Atlantis, les occupants de la base présentent des symptômes inquiétants. Teyla a des visions au cours desquelles elle voit les Anciens, récemment massacrés par les Réplicateurs, venir l'avertir d'un grand danger. La santé des habitants d'Atlantis se dégrade. Bientôt, d'autres membres de l'équipe de Sheppard ont aussi des hallucinations...

Episode 13 : Invincible
L'équipe retrouve Lucius Lavin en train d'utiliser un ancien bouclier qui le rend invincible. Il profite de cette technologie pour donner l'illusion d'être un individu courageux et se faire ovationner par les autochtones...

Episode 14 : Le Péril de la sagesse
Alors qu'il coupe l'énergie de certains systèmes d'Atlantis, McKay est frappé par un rayon émis par un mystérieux appareil. Il s'aperçoit alors qu'il détient des super pouvoirs. Mais sa joie est de courte durée : les effets de sa mutation pourraient être mortels. L'équipe doit trouver un moyen pour sauver McKay avant qu'il ne soit trop tard...

Episode 15 : Les jeux sont faits
Pour passer le temps, Sheppard et McKay s'affrontent au cours d'une partie d'un jeu de stratégie qu'ils ont découvert sur Atlantis. A leur grande surprise, ils s'aperçoivent que ce jeu a une véritable influence sur les habitants de deux villes d'une autre planète. Ils doivent mettre fin à la guerre qu'ils viennent de provoquer. Cette mission diplomatique s'avère plus délicate qu'il n'y paraît...

Episode 16 : Âmes en détresse
Les derniers survivants d'une civilisation sont retrouvés en hibernation. Leur survie est menacée lorsque leur équipement d'hibernation est sévèrement endommagé.

Episode 17 : Une question d’éthique
Lorsque l'ensemble de la ville reçoit l'ordre de prendre un jour de congé, les membres de l'équipe Atlantis font de leur mieux pour se détendre. Mais une mystérieuse explosion en pleine ville tue des passants et interrompt leur repos...

Episode 18 : Immersion
L'équipe d'Atlantis part à la recherche d'une source d'énergie dans l'océan de Lantea. Zelenka et Ronon se plaignent car cela leur prend beaucoup de temps. Tandis que l'exploration de la station géothermale commence, Teyla détecte la présence d'un Wraith. McKay informe Weir que tous les systèmes fonctionnent à plein régime et le docteur le met en garde : il faut avant tout comprendre pourquoi les Anciens ont abandonné la station...

Episode 19 : L’Équilibre parfait
Lorsque l'expédition perd contact avec le village des Taraniens, Sheppard et son équipe mènent l'enquête et découvre que Michael serait responsable de la situation...

Episode 20 : Nom de code : Horizon
Investi d'une nouvelle mission, le colonel Abe Ellis arrive à Atlantis dans un nouveau vaisseau, l'Apollo. Le docteur Weir redoute cette opération, qui risquerait de déclencher une guerre contre un ennemi très puissant. Bientôt, Weir est le seul capable de sauver Atlantis...