22 épisodes
Episode 1 : Voron
L'agent spécial Alden Parker est toujours en fuite avec son ex-femme pour échapper à la vendetta personnelle contre lui. Jane Tenant et Ernie Malik d’Hawaï sont à Washington pour un exercice militaire mondial et ils en profitent pour aider l'équipe dans leur traque de The Raven.
Episode 2 : Pères et impairs
McGee voit sa vie professionnelle et personnelle se rejoindre quand un parent d'élève de l'école de ses enfants, est lié à une effraction dans un bunker d'armement du gouvernement.
Episode 3 : La Malédiction du roi
Un cadavre est découvert dans un ancien cimetière que l'on considère hanté, l'équipe essaie alors de déterminer la symbolique du crime. Torres, quant à lui continue sa thérapie avec le docteur Grace et il découvre qu'ils courent tous deux un grave danger.
Episode 4 : Les Jolis cœurs
Le passé de l'agent Knight refait subitement surface quand son ex-petit ami, un agent du National Parks Service fait équipe avec le NCIS lorsqu'un meurtre est commis dans un camping.
Episode 5 : Mission à Berlin
Malgré une violente intrusion à son domicile, où il a abattu l’un des agresseurs, Vance maintient un déplacement à Berlin pour une conférence Interpol. Accompagné de Parker, il retrouve Lena Paulsen, un agent du renseignement allemand avec qui il a travaillé dans le passé. Alors que l’équipe identifie que les agresseurs de Vance sont originaires d’Europe de l’Est, Lena Paulsen est attaquée à son tour...
Episode 6 : Une taupe parmi nous
Quand un agent du NCIS est retrouvé mort et que Kasie est portée disparue, l'équipe doit rapidement trouver le tueur.
Episode 7 : Qui veut tuer Félix ?
Félix Lassiter accuse sa femme Tara Flynn, secrétaire de la Navy, d'avoir tenté de le tuer à trois reprises. Personne ne le prend au sérieux jusqu'à ce qu'il soit victime d'un empoisonnement avec un neurotoxique militaire.
Episode 8 : Les sœurs ennemies
Alors que le pays tout entier s'apprête à fêter Thanksgiving, les agents du NCIS assurent la sécurité d'une course caritative présidée par l'amirale Stock. Soudainement, le char sur lequel se tient l'amirale explose.
Episode 9 : Le campus aux espions
Le NCIS enquête sur la mort d'un étudiant, aperçu avec un comportement étrange avant d'être percuté par une voiture. L'enquête se complique lorsqu'un lien est établi avec la femme de McGee, Delilah, qui lui donnait des cours de cryptographie.
Episode 10 : L'affaire Dale Harding (1)
Les membres d'équipe du NCIS de Hawa'i, Los Angeles et Washington sont tous réunis à DC pour enquêter sur le suicide apparemment accidentel d'un professeur dont il devait fêter le départ à la retraite. 1er épisode d'un crossover en 3 parties NCIS - 20.10 : L'affaire Dale Harding NCIS : Hawai'i - 2.10 : Traque à Hawaï NCIS : Los Angeles - 14.10 : Vivre et mourir à Los Angeles
Episode 11 : Un passé bien présent
En enquêtant sur le meurtre d'une enseigne de la Navy, Parker découvre qu'il est victime d'un vol d'identité. Knight et Palmer, eux, font face à leurs premiers obstacles depuis le début de leur relation.
Episode 12 : Les Infiltrés
Un vieil ami de Torres vient le voir ensanglanté pour obtenir des conseils sur une opération d'infiltration du FBI. Il disparait peu après et toute l'équipe du NCIS aide Torres à le retrouver. McGee, de son côté, s'entraine dans l'objectif de participer prochainement à un jeu télévisé populaire.
Episode 13 : La Mort dans les yeux
Pour se préparer à un rôle, une actrice de renommée internationale suit les agents du NCIS quand ces derniers enquêtent sur une sordide affaire de décapitation.
Episode 14 : Une vieille blessure
Parker peine avec ses émotions lorsqu'un arnaqueur de son passé refait surface en tant que suspect de meurtre.
Episode 15 : Dans la fleur de l'âge
Le NCIS enquête sur la mort d'un quartier maître inscrit sur un site pour des relations entre jeunes et seniors. Parker profite du fait que son père soit chez lui pour qu'il aide l'équipe à mener une "mission d'infiltration" dans le cadre de l'enquête au sein d'une maison de retraite où la victime était active.
Episode 16 : L'effet papillon
L'équipe du NCIS se met en branle pour enquêter sur le responsable d'une potentielle attaque bio-terroriste dans le parking d'un centre commercial. De plus, le père de Knight doit faire face à un problème de santé pendant son séjour au Japon.
Episode 17 : La Terre promise
Le NCIS enquête sur le meurtre d'un officier de la marine, qui aurait été assassiné pour avoir aidé un réfugié afghan. Aussi, Jimmy doit gérer le début de l'adolescence de sa fille quand un problème se pose à lui.
Episode 18 : Un plan diabolique
Le NCIS enquête sur une lieutenant de la marine accusée d'avoir tenté d'assassiner son mari mais qui ne se souvient plus de rien. Kasie, essaie de réaliser ses projets après avoir appris qu'un membre de sa famille est atteint d'une maladie.
Episode 19 : Wonder Woman
L'agent Knight devient populaire sur les réseaux sociaux après avoir sauvé une mère et ses enfants d'un accident qui aurait pu leur être fatal.
Episode 20 : Autopsie à quatre mains
L'équipe du NCIS travaille sur le meurtre de la fille d'un sénateur ayant une réputation de rebelle et beaucoup de followers sur le net. Jimmy devient compétitif avec un ancien rival de l'université.
Episode 21 : Échange de prisonniers
Lorsqu'un meurtre suspect a lieu dans la section top secrète des archives nationales, le NCIS doit enquêter sur une série de rencontres d'espions russes qui portaient être liée au meurtre.
Episode 22 : Ciel noir
Torres se retrouve en prison pour une mission d'infiltration, alors que l'équipe doit déjouer une menace terroriste qui s’annonce dévastatrice.